一、品种的混杂退化
在农业生产中，大量的种子纠纷是由品种的混杂退化引起的。品种混杂退化的主要表现是品种的典型性和使用价值下降，具体表现为：
（一）抗逆力下降，生活力减退，对各种不良条件的适应力变弱。
（二）生长发育不一致，整齐度差。
（三）产量低而不稳，产品品质下降。
品种混杂退化主要包括品种混杂和品种退化两个方面：
（一）品种混杂 品种混杂可分为机械混杂和生物学混杂两种，机械混杂主要指品种繁育时，在种、收、运、脱、晒、藏等作业时，操作不严，使繁育的品种内混进了异品种或异种的种子。自花受粉作物的品种混杂主要由机械混杂造成。异花受粉作物发生机械混杂后，特别是混进了相互间能够杂交的同作物或异作物种子，又会引起生物学混杂，造成的后果更严重。
生物学混杂主要是指在良种繁育过程中，未将不同品种进行适当隔离，发生了天然杂交，造成品种纯度或典型性以及产量和品质等降低。自花受粉、异花受粉作物均可发生生物学混杂，但异花受粉作物最为普遍。
（二）品种退化 一个优良品种应是一个较为一致的群体，但个体间的一致性均是相对，个体间总会有些或多或少的差异。繁种时异花受粉的自交系株间相互传粉，自花受粉作物的某些杂合基因型发生分离，都可能会使群体的表现型变得不一致。各种作物自然情况下，都会发生频率很低的突变，这些突变逐步积累，也可导致品种的经济性状变劣。
品种退化的另一个原因是不正确的繁种方法，在繁种过程中，选择不当往往会加速品种的退化速度；如繁殖杂交种亲本时，由于对亲本系的性状了解不够，常有将性状近似而较大、较壮的杂交苗留下，而把较弱的典型苗去掉。繁种时不良的生育条件与栽培技术也可导致品种退化；水稻在不良的生育和栽培条件下，会出现返祖现象，产生红米；马铃薯在种薯形成期遇高温，病毒病蔓延滋长，会使种薯退化。
