关于转基因的安全性目前仍未有定论，我国对转基因有严格的规定，而在这些规定下，仍然存在一些育种专家和企业违规运作转基因商业化，对我国农产品的常规育种造成严重的危害。为规避这些行为，近日，农业部发信要求“育种家要尽量清理转基因育种材料”。
由于转基因技术对经济、社会、环境等方面具有重大的影响，因此许多国家均加速抢占转基因生物育种产业的制高点，为提高国际市场竞争力，我国近年来也不断增强自身转基因技术研发实力，并获得一系列重要突破，如培育出36个抗虫转基因棉花品种、转基因抗虫水稻获得安全证书等。
监管体系、安全评价制度的建立并未阻止一些转基因商业化的运作行为。中投顾问发布的《2010-2015年新疆农产品市场投资分析及前景预测报告》显示，2010年初夏以来，一些违规流通的转基因玉米品种陆续被农业部检测出，据悉，农业部立即约谈了这些违规的育种专家和企业，并对该种行为进行严格的处理，责令违规育种企业停止生产和销售。
中投顾问食品行业研究员周思然指出，近年来转基因作物取得了蓬勃的发展，四大转基因作物的种植面积屡创新高，占据全球75%的大豆面积、50%的棉花面积、25%的玉米面积和20%的油菜面积均种上了转基因作物，截至2009年，全球转基因作物的种植总面积达到1.34亿公亩。当然，随着转基因作物育种带来的经济效益和生态效益的持续增长，关于转基因安全的争议也愈演愈烈。
转基因是一种新生事物，其生产和消费的时间都较短，安全性仍然值得怀疑。虽然转基因可根据人类的需要，有目的地进行改造，使其具有抗虫害、抗病毒、延长保鲜期等目的，但它们所提供的食品对人体是否安全呢？短期内安全，那长期是否有副作用呢？同时，转基因作物的推广对农业、生态环境均会造成重大的影响。因此，国家应高度重视农业转基因生物安全，完善转基因生物监管体系，并建立安全评价制度。