制种亲本自交系种子质量应选择符合国家质量标准的种子，自交系原种纯度不低于99.9%，净度不低于98%，发芽率不低于85%，含水量不高于13%；自交系原种纯度（制种田用）不低于99%，其他指标同自交系原原种。

在繁殖亲本时：一是隔离。

严格隔离条件，空间隔离亲本区四周800米以内不能种植异品种玉米；如用高秆作物隔离则宽度应在500米以上。

制种时，还应考虑授粉期的风向、风速、地面情况及污染源的大小。以山谷、丘陵等天然屏障进行隔离最好，若采用空间隔离，玉米制种田周围500～800米以内不能种植其它玉米；若种植高秆作物隔离，制种田四周高秆作物的宽度应在100米以上；若选择时间隔离，制种田最后一期亲本和周围玉米播期要错开60天以上。

二是套袋繁殖自交系原种，用原种再繁殖制种亲本。

三是去杂。在繁殖亲本过程中要严格去杂，严防异种混入。

去杂去劣实行“四去一留”原则，即去掉过大、过弱、过小、杂色苗，留颜色一致、大小均匀的苗。首先在苗期结合间苗定苗，按幼苗长势、叶色深浅、叶鞘颜色、叶片宽窄和苗的大小鉴别，去掉不符合自交系长相的植株，留大小均匀一致苗。其次在拔节至抽穗前去杂，主要从株高、株形、叶色、    叶形、叶片宽度、叶片与茎秆夹角等方面鉴别，把与本自交系典型植株特征特性不同的劣株砍掉，要整株去除而不能只去头还留穗。

第四，在收获后脱粒前进行穗选，主要从果穗形状、粒形、粒色、籽粒大小、穗粗、穗行数、穗轴颜色等方面鉴别去掉杂穗。