辣椒病虫害防治上应从以下几方面着手：
首先应选用抗病抗虫良种；培育壮苗： 精细管理，去弱留强，去病存壮；搞好种子、床土和棚室消毒
其次是加强对病虫害的理化防治
（一）病害。辣椒病害种类很多，有病毒病、炭疽病、疫病、猝倒病、立枯病、软腐病、疮痂病、日灼病、根腐病、白星病、白粉病等二十余种
1．病毒病。又叫花小病、疯病、狗耳朵病。
防治措施：①喷钝化剂。黄豆粉或皂角粉0．75公斤加水15公斤，喷椒。②发病初期，喷施高锰酸钾1000倍液或1％过磷酸钙浸出液，提高抗性。③喷克病灵药液800倍液或病毒A等药剂。④喷0．3％的86制剂，于栽前半月，栽后一月及蕾期各喷一次。
2．炭疽病。是常见且危害较重的一种病害。
防治措施：①硫酸铜1000倍液，70％甲基托布津1000倍液，70％代森锰锌400倍液，75％百菌清500倍液，65％福美双可湿性粉600倍液，也可用2％农抗“120”150倍液，重点喷施植株中下部及叶背面。②浇水。气温低时中午浇，气温高时早晚浇，伏天中午勿浇，因该病易爆发。
3．疫病。发生迅猛，毁灭性病害。
防治措施：①与大蒜套作，病害轻。②苗床湿度大时，撒草木灰或细干土。③硫酸铜，亩撒3斤，可与细砂或细土混和，浇水轻灌。④50％瑞毒铝铜1000倍液，66％CDC800倍液， 70％代森锰锌500倍液或1：1：200的波尔多液于7、8月灌水前或雨后隔天喷药防治。
4．猝倒病、立枯病。苗床病害，折根或干枯，低温、高温、弱光均易引起此病。
用70％甲基托布津1000倍液喷雾。
5．软腐病、疮痂病。均细菌性病害，病初水渍状，发展成暗绿色似水泡状脓包。
喷200毫克／千克的农用链霉素或波尔多液，新植霉素，7天