花椰菜苗期病害主要是猝倒病、立枯病、灰霉病，以及由低温引起的生理性病害——沤根。冬春季节主要发生猝倒病及沤根病。主要由瓜果腐霉菌引起的病害。病菌借助于水进行侵染和蔓延，故土壤潮湿是此病发生的主要条件，低温、阴雨天气易引发猝倒病。苗期发病多在真叶未开展前。症状有三种：烂种、死苗和猝倒。前两种表现为种子播下后腐烂，不发芽，或种子发芽后胚茎及子叶尚未出土，死在土中。第三种症状是猝倒。幼苗茎基部初呈水渍状病斑，后变黄褐色，地上部分倒伏。沤根是生理性病害，主要是由于低温，土壤含水量过高造成的根系腐烂。
苗期病害的综合防治：
　　苗期病害主要采取加强育苗管理，提高幼苗抗病能力和根系功能，以达到防病和培育壮苗的目的。
1.苗床地应选择地势高燥、避风向阳、排水良好、土质疏松而肥沃的无病地块，并应与生产田有适当隔离，以防病虫害容易传来。
2.苗床应施用优质有机肥料；早春育苗应注意保温。
3.药剂防治：（1）苗床土壤消毒：播种前，先把苗床按常规方法平整好，然后用博雅速效兑水800倍，每平方米用喷雾器均匀喷洒2-3公斤药液消毒苗床，播种后再覆盖细土。（2）喷药保护：发病时用72．2％的普力克400倍液喷淋苗床，或根据不同病害用百菌清、多菌灵、恶霉灵粉剂，兑干细土制成毒土，均匀撒于苗床上（不宜在叶面有露水时撒）。